Kayserispor’da ikinci kez göreve gelen Prosinecki, ilk olarak 2012-2013 sezonunun 7. haftasında Mersin İdmanyurdu maçının ardından 7 puanla 15. sırada devraldığı sarı-kırmızılı ekipte önemli işlere imza atarak, takımı sezon sonunda 52 puanla 5. sıraya kadar taşıdı.
Prosinecki’nin öğrencileri, 2013-2014 sezonunda ise beklentileri karşılayamadı. İlk devrenin sonunda 12 puanla son sırada yer alan Kayserispor’da 17. haftada deplasmanda 5-1 kaybedilen Fenerbahçe maçının ardından 31 Aralık 2013’te Hırvat teknik adam ile yollar ayrıldı.
Bu sezonun devre arasında büyük umutlarla takımın başına tekrar getirilen Prosinecki, çıktığı ilk resmi müsabaka olan Ziraat Türkiye Kupası son 16 turu ilk maçında sahasında Fenerbahçe ile golsüz berabere kaldı.
Ziraat Türkiye Kupası son 16 turu rövanş karşılaşmasında Fenerbahçe’ye 2-0 yenilen Kayserispor, kupaya veda etti.
Ligin ikinci yarısına da kötü başlayan Prosinecki’nin ekibi, ilk maçında deplasmanda Aytemiz Alanyaspor’a 5-1 kaybetti.
Prosinecki’nin takımı, ligde yaptığı 17 maçta 6 galibiyet, 4 beraberlik ve 7 mağlubiyetle 22 puan toplayabildi.
Kayseri ekibi, bu maçlarda 24 gol atarken, kalesinde 30 gole engel olamadı.
