1999-2000 yılında Gençlerbirliği formasıyla profesyonel futbol hayatı başlayan Gökhan Ünal, 3 yıl sonra Kayseri ekibine transfer oldu. Devre arasında asıl çıkış yapacağı Yimpaş Yozgat’a kiralanan Gökhan, sezon sonu geri döndüğü kulübü Kayserispor’da da oynadığı futbolla takımın yıldızlarından biri haline geldi. 2005-06 sezonu gol kralı olarak tamamlayan ve dikkatleri üzerine çeken golcü oyuncu, 2008 yılında Trabzonspor’a transfer oldu. 2009-10 sezonunun devre arasında ise Burak Yılmaz’la takas edilip, Fenerbahçe kadrosuna katıldı. Sarı lacivertlilerde istediği performansa ulaşamayan Gökhan Ünal, sonraki yıllarda hem Süper Lig’de hem de alt liglerde birçok farklı takımda forma giydi.
2018 yılında futbolu bıraktıktan sonra da yeşil sahaların içinde kalmaya devam eden Gökhan Ünal, şu anda Karşıyaka Spor Kulübü’nde teknik direktör İbrahim Cezayir’in ekibinde yardımcı antrenör olarak görev yapıyor.
