2003 yılında profesyonel kariyerine altyapısından yetiştiği Portekiz’in köklü kulübü Benfica’da başlayan Joao Pereira, ülkesinde Gil Vicente, Braga ve Sporting Lizbon formaları da giydi. 2012 yılında Portekiz dışına ilk transferini yapan başarılı sağ bek, İspanya’nın yolunu tuttu.
La Liga’da Valencia, Bundesliga’da ise Hannover’de oynadıktan sonra Portekiz’e geri dönerek 2. Sporting dönemini yaşayan Joao’nun bir sonraki durağı ise Türkiye oldu. 2017’nin kış transfer döneminde Trabzonspor’a imza atan oyuncu, 4 yıl bordo mavili kulüpte forma giydi ve Fırtına’nın kaptanlığını yaptı.
2021’in ara transferinde Trabzonspor ile yollarını ayıran ve Portekiz’e geri dönerek 3. Sporting dönemini şampiyonlukla taçlandıran Joao Pereira, aynı sezon sonunda aktif kariyerini noktaladı.
37 yaşındaki Portekizli şu anda futbolu bıraktığı Sporting Lizbon’un U23 takımında yardımcı antrenör olarak görev yapıyor.
