2000 yılında profesyonel kariyerine altyapısından yetiştiği Çekya kulübü FK Pribram’da başlayan Tomas Zapotocny, ülkesinde FK Drnovice ve Slovan Liberec’te oynadıktan sonra İtalya’ya transfer oldu. Udinese’de başarılı 1.5 yıl geçiren Çek savunmacının bir sonraki durağı ise Türkiye oldu.
2008 yaz transfer döneminde kadrosuna katıldığı Beşiktaş’ta ve bir sezon sonra kiralandığı Bursaspor’da arka arkaya iki yıl şampiyonluk sevinci yaşayan Zapotocny, 2011’in ilk aylarında ülkemizden ayrıldı. Çek savunmacı Türkiye’den sonra ülkesinde Sparta Prag, FK Pribram ve Banik Ostrava, Almanya’da TSV Bogen ile Avusturya’da Oed/Zeillern formaları giydi.
2019 yılında doğduğu kentin takımı Spartak Pribram’da aktif kariyerini noktalayan 41 yaşındaki Tomas Zapotocny şu anda altyapısından yetiştiği ve yine doğduğu şehrin bir başka ekibi olan Çekya 2. Lig Kulübü FK Pribram’ı çalıştırıyor.
